| MirGeneDB ID | Ami-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-130-P1a Ami-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1c Bta-Mir-130-P1c Cfa-Mir-130-P1c Cja-Mir-130-P1c Cpi-Mir-130-P1c Cpo-Mir-130-P1c Dno-Mir-130-P1c Eca-Mir-130-P1c Ete-Mir-130-P1c Gja-Mir-130-P1c Hsa-Mir-130-P1c Laf-Mir-130-P1c Lch-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P1c Mml-Mir-130-P1c Mmr-Mir-130-P1c Mmu-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P1c Neu-Mir-130-P1c Oan-Mir-130-P1c Ocu-Mir-130-P1c Pab-Mir-130-P1c Pbv-Mir-130-P1c Rno-Mir-130-P1c Sha-Mir-130-P1c Spt-Mir-130-P1c Sto-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709282.1: 610407-610468 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCCCAUCCCUGCCAGGCCCCUGUCCAAGGCUCUUUUCACAUUGUACUACUGUAUGAGCCCCUGCCAAGCAAUGCAAUGUAAAAAGGGCAUUGGGUAGGUGGUCCCCACCAUGCCCACCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCCCAUCCCUGCCAG- -| GU G C CUA GUAUGAG GCC CCU CCAA GCUCUUUU ACAUUGUA CU C UGG GGA GGUU CGGGAAAA UGUAACGU GA C ACCCACCCGUACCACCCC U^ UG A A AAC ACCGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-130-P1c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUUUUCACAUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-130-P1c_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAUGCAAUGUAAAAAGGGCAU -62
Get sequence
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