| MirGeneDB ID | Hsa-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hsa-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hsa-Mir-130-P2a Hsa-Mir-130-P2b Hsa-Mir-130-P3b Hsa-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1c Ami-Mir-130-P1c Bta-Mir-130-P1c Cfa-Mir-130-P1c Cja-Mir-130-P1c Cpi-Mir-130-P1c Cpo-Mir-130-P1c Dno-Mir-130-P1c Eca-Mir-130-P1c Ete-Mir-130-P1c Gja-Mir-130-P1c Laf-Mir-130-P1c Lch-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P1c Mml-Mir-130-P1c Mmr-Mir-130-P1c Mmu-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P1c Neu-Mir-130-P1c Oan-Mir-130-P1c Ocu-Mir-130-P1c Pab-Mir-130-P1c Pbv-Mir-130-P1c Rno-Mir-130-P1c Sha-Mir-130-P1c Spt-Mir-130-P1c Sto-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (hg38) |
chr11: 57641212-57641273 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGCCGGCAUGCCUCUGCUGCUGGCCAGAGCUCUUUUCACAUUGUGCUACUGUCUGCACCUGUCACUAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCGUGUAGUGCUACCCAGCGCUGGCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGGCCGGCAUGCCUCU- -| A C UG A GUCUGCA GCUGC UGGCCAG GCUCUUUU ACAUUG CU CU C UGAUG GCCGGUU CGGGAAAA UGUAAC GA GA C GUCGGUCGCGACCCAUCG U^ A U GU C UCACUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The post-transcriptional addition of a terminal 3' uridine is supported by the existence of multiple examples of 3' DcRNA reads that start with the U in human and several other vertebrates. All other taxa are treated accordingly. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hsa-Mir-130-P1c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUUUUCACAUUGUGCUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004593 TargetScanVert: hsa-miR-130a-5p TargetMiner: hsa-miR-130a-5p miRDB: MIMAT0004593 |
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| Mature sequence | Hsa-Mir-130-P1c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000425 TargetScanVert: hsa-miR-130a-3p TargetMiner: hsa-miR-130a-3p miRDB: MIMAT0000425 |
