| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2b Mmu-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1c Ami-Mir-130-P1c Bta-Mir-130-P1c Cfa-Mir-130-P1c Cja-Mir-130-P1c Cpi-Mir-130-P1c Cpo-Mir-130-P1c Dno-Mir-130-P1c Eca-Mir-130-P1c Ete-Mir-130-P1c Gja-Mir-130-P1c Hsa-Mir-130-P1c Laf-Mir-130-P1c Lch-Mir-130-P1c Mdo-Mir-130-P1c Mml-Mir-130-P1c Mmr-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P1c Neu-Mir-130-P1c Oan-Mir-130-P1c Ocu-Mir-130-P1c Pab-Mir-130-P1c Pbv-Mir-130-P1c Rno-Mir-130-P1c Sha-Mir-130-P1c Spt-Mir-130-P1c Sto-Mir-130-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr2: 84741116-84741176 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGCCGGCAUGCCUUUGCUGCUGGCCGGAGCUCUUUUCACAUUGUGCUACUGUCUAACGUGUACCGAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUCGGCCUUGUAGUACUACCCAGUGCCGGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGCCGGCAUGCCUUU- U-| GA C UG A GUCUAAC GCUGC GGCCG GCUCUUUU ACAUUG CU CU \ UGAUG CCGGC CGGGAAAA UGUAAC GA GA G GACGGCCGUGACCCAUCA UU^ UA U GU C GCCAUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The post-transcriptional addition of a terminal 3' uridine is supported by the existence of multiple examples of 3' DcRNA reads that start with the U in human and several other vertebrates. All other taxa are treated accordingly. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-130-P1c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUUUUCACAUUGUGCUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-130a-5p miRDB: MIMAT0016983 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-130-P1c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000141 TargetScanVert: mmu-miR-130a-3p miRDB: MIMAT0000141 |
