| MirGeneDB ID | Ami-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1c Ami-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Gga-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1a Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mdo-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1a Tni-Mir-130-P1a2 Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709599.1: 25792-25850 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1a) |
Mir-130-P3a
NW_017709599.1: 17735-17798 [-]
UCSC
Mir-130-P2a NW_017709599.1: 24537-24597 [-] UCSC Mir-130-P1a NW_017709599.1: 25792-25850 [-] UCSC |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAGUCUGUGAAGUAUGCUGUUGUCCAGAGCCCUUUUUCUGUUGUACUACUGGCAAUUAUGAUGAGCAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAUUGGCUGGCAGAAACAUGACCCCUUUUAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAGUCUGUGAAGUAUG--| U A UC A GGCAAU CUGUUG CCAG GCCCUUUU UGUUGUACU CU \ GACGGU GGUU CGGGAAAA AUAACGUGA GA U ACGAUUUUCCCCAGUACAAA^ C A UU C GUAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-130-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUUCUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-130-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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