| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-67-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gpa-Mir-67-P12-v1 Gpa-Mir-67-P13-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Csc-Mir-67-P13 Cte-Mir-67 Dgr-Mir-67 Dma-Mir-67 Dpu-Mir-67 Egr-Mir-67 Gsa-Mir-67 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pdu-Mir-67 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tur-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | G. pallidipes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold50: 84500-84565 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-67-P13-v2) |
Mir-67-P13-v1
Scaffold50: 84500-84565 [+]
Ensembl
Mir-67-P13-v2 Scaffold50: 84500-84565 [+] Ensembl |
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| Variant | Gpa-Mir-67-P13-v2 |
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| Seed | ACAACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUUCCUUUAUGGAUUUUCUCUUGCAUUGCCUCACUCAACUUGGGUUUGAUGUGUUAAAAAGUUUCGAUAGCAUCACAACCUCUUUGAGUGAGCUACAGCAAGCUGAAUAAUCAUCAAAACAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUUCCUUUAUGGAUUU U- AUU-| C CUU - GUGUUAAAAA UC CUUGC GC UCACUCAA GGGUU UGAU \ AG GAACG CG AGUGAGUU UCCAA ACUA G ACUACAAAACUACUAAUA UC ACAU^ - UC- C CGAUAGCUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-67-P13-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCACUCAACUUGGGUUUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-67-P13-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CACAACCUCUUUGAGUGAGCU -66
Get sequence
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| Variant | Gpa-Mir-67-P13-v1 |
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| Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUUCCUUUAUGGAUUUUCUCUUGCAUUGCCUCACUCAACUUGGGUUUGAUGUGUUAAAAAGUUUCGAUAGCAUCACAACCUCUUUGAGUGAGCUACAGCAAGCUGAAUAAUCAUCAAAACAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUUCCUUUAUGGAUUU U- AUU-| C CUU - UGUUAAAAA UC CUUGC GC UCACUCAA GGGUU UGAUG \ AG GAACG CG AGUGAGUU UCCAA ACUAC G ACUACAAAACUACUAAUA UC ACAU^ - UC- C GAUAGCUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-67-P13-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCACUCAACUUGGGUUUGAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-67-P13-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCACAACCUCUUUGAGUGAGCU -66
Get sequence
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