MirGeneDB ID | Gga-Mir-34-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-34b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-34-P1 Gga-Mir-34-P2b Gga-Mir-34-P3a Gga-Mir-34-P3b Gga-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P2a Ami-Mir-34-P2a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P2a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P2a Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P2a Cmi-Mir-34-P2a Cpi-Mir-34-P2a Cpo-Mir-34-P2a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P2a Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P2a Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P2a Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P2a Gja-Mir-34-P2a Hsa-Mir-34-P2a Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P2a Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P2a Mdo-Mir-34-P2a Mml-Mir-34-P2a Mmu-Mir-34-P2a Mun-Mir-34-P2a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P2a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P2a Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P2a Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P2a Sha-Mir-34-P2a Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P2a Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P2a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P2a Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P2a1a Xla-Mir-34-P2a1b Xla-Mir-34-P2a2a Xla-Mir-34-P2a2b Xtr-Mir-34-P2a1 Xtr-Mir-34-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
24: 5568852-5568910 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P2a) |
Mir-34-P2a
24: 5568852-5568910 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P2b 24: 5569588-5569642 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACCAUCCUGAGAGCAGUGCUUGGUUUGCAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGUACCCAGCGCCCCACAAUCACUAAAUUCACUGCCAUCAAAACAAGGCACAGGACCCCGUGUGACAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCACCAUCCUGAGAGCA- GG-| CA UAG C ACCCA GUGCUU UUUG GGCAGUG UUAG UGAUUGU G CACGGA AAAC CCGUCAC AAUC ACUAACA C CGACAGUGUGCCCCAGGA ACA^ UA UUA - CCCCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gga-Mir-34-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-34b-5p miRDB: MIMAT0001179 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gga-Mir-34-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUCACUAAAUUCACUGCCAUC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-34b-3p miRDB: MIMAT0026540 |