MirGeneDB ID | Dre-Mir-34-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-34b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-34-P1 Dre-Mir-34-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P2a Ami-Mir-34-P2a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P2a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P2a Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P2a Cmi-Mir-34-P2a Cpi-Mir-34-P2a Cpo-Mir-34-P2a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P2a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P2a Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P2a Gga-Mir-34-P2a Gja-Mir-34-P2a Hsa-Mir-34-P2a Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P2a Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P2a Mdo-Mir-34-P2a Mml-Mir-34-P2a Mmu-Mir-34-P2a Mun-Mir-34-P2a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P2a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P2a Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P2a Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P2a Sha-Mir-34-P2a Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P2a Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P2a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P2a Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P2a1a Xla-Mir-34-P2a1b Xla-Mir-34-P2a2a Xla-Mir-34-P2a2b Xtr-Mir-34-P2a1 Xtr-Mir-34-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr5: 57922533-57922591 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P2a) |
Mir-34-P2b
chr5: 57922296-57922352 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P2a chr5: 57922533-57922591 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAUAUAUUAACAUGUUGGGGUUGGUCUGUAGGCAGUGUUGUUAGCUGAUUGUUUCAUAUGAACUAUAAUCACUAACCAUACUGCCAACACAACAACCUACAAGGAAACACAAAGCUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAUAUAUUAACAUGUUG--| GUC A U C UUCAU GGGUUG UGU GGCAGUGU GUUAG UGAUUGU A UCCAAC ACA CCGUCAUA CAAUC ACUAAUA U GGUCGAAACACAAAGGAACA^ AAC A C - UCAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-34-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUUGUUAGCUGAUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-34b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-34-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUCACUAACCAUACUGCCAAC -59
Get sequence
|