| MirGeneDB ID | Dya-Mir-2-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dya-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dya-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P6a Dya-Mir-2-P6b Dya-Mir-2-P6c Dya-Mir-2-P7 Dya-Mir-2-P8 Dya-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 6066959-6067024 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v2) |
Mir-2-P4b-v1
2R: 6066569-6066628 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 2R: 6066569-6066628 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v1 2R: 6066959-6067024 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v2 2R: 6066959-6067024 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P3b 2R: 6067230-6067298 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dya-Mir-2-P4a-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUAAAACUAUUGGCGCAUUCACGCUGGGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUAAAACUAUUGGCG--- C - -| AAUGCAUUUCCG CAUU ACGCUGGGCUC UCAAAG UGGUUGUGA C GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC ACCGACACU U GGUACUAAACUACAUGCUAU - U G^ AUACGGCGCGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-2-P4a-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGUGGUUGUGAAA -20
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-2-P4a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -66
Get sequence
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| Variant | Dya-Mir-2-P4a-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUAAAACUAUUGGCGCAUUCACGCUGGGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUAAAACUAUUGGCG--- C - -| A CAUUUCCG CAUU ACGCUGGGCUC UCAAAG UGGUUGUGA AUG C GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC ACCGACACU UAC U GGUACUAAACUACAUGCUAU - U G^ A GGCGCGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-2-P4a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-2-P4a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -66
Get sequence
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