| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v1 Csc-Mir-2-P1n Csc-Mir-2-P1o Dan-Mir-2-P1-v1 Dlo-Mir-2-P1-v1 Dma-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P1-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P1-v1 Isc-Mir-2-P1 Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 15417760-15417826 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1-v2) |
Mir-2-P2b1
3R: 15417411-15417470 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P2a 3R: 15417547-15417609 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P1-v1 3R: 15417760-15417826 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P1-v2 3R: 15417760-15417826 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-2-P1-v2 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGACGUUACCUCGUAUCUUACUUUCAAUGUCAUCAAAAAGGGCUGAAGAAAGAUAUUUCUGCAUUUGAAUCGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGGGCAUUGCAAUGAGCAGCGAUAGCAAAAUGUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGACGUUACCUCGUAU---| C U - AAG AAGAAA UAUUUCU CUUA UU CAAUGUC AUCAAA GGCUG GA G GAGU AA GUUACGG UAGUUU CCGAC CU C CAGUGUAAAACGAUAGCGAC^ - C G CGA ACUAUG AAGUUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAAAGGGCUGAAGAAAGAUA -26
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGGGCA -67
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000411 TargetScanFly: dme-miR-2c |
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| Variant | Dme-Mir-2-P1-v1 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGACGUUACCUCGUAUCUUACUUUCAAUGUCAUCAAAAAGGGCUGAAGAAAGAUAUUUCUGCAUUUGAAUCGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGGGCAUUGCAAUGAGCAGCGAUAGCAAAAUGUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGACGUUACCUCGUAU---| C U - AAG AAGAAAGAUAUUUCU CUUA UU CAAUGUC AUCAAA GGCUG G GAGU AA GUUACGG UAGUUU CCGAC C CAGUGUAAAACGAUAGCGAC^ - C G CGA ACUAUGCUAAGUUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAAAGGGCUGAAGAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UCACAGCCAGCUUUGAUGGGCA -67
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000411 TargetScanFly: dme-miR-2c |
