| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P8 Aga-Mir-2-P8 Asu-Mir-2-o8 Dan-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P8 Dsi-Mir-2-P8 Dya-Mir-2-P8 Gpa-Mir-2-P8 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P8 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Aparaglossata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 14215802-14215862 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P8-v1) |
Mir-2-P8-v2
2R: 14215801-14215863 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P8-v1 2R: 14215802-14215862 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-2-P8-v1 |
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| Seed | GCAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGCGGGGUUAAUAACACGUCUCGACGCCUCGCAGUAUAUUUUUGUGUUUUGUUUCGUUUUGCAAUCCAAAUCACAGGAUUAUACUGUGAGAUGACCAGCGUGCCAGCAGCGAAAAGCGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGCGGGGUUAAUAACACGUCUCG -------| U U UUUCGUU ACGC CUCGCAGUAUA UUUUGUG UUUG \ UGCG GAGUGUCAUAU AGGACAC AAAC U CAGCGAAAAGCGACGACCG----- ACCAGUA^ U U CUAACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P8-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCAGUAUAUUUUUGUGUUUUG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Dme-Mir-2-P8-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAUCACAGGAUUAUACUGUGAG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000399 TargetScanFly: dme-miR-308 |
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| Variant | Dme-Mir-2-P8-v2 |
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| Seed | UCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGCGGGGUUAAUAACACGUCUCGACGCCUCGCAGUAUAUUUUUGUGUUUUGUUUCGUUUUGCAAUCCAAAUCACAGGAUUAUACUGUGAGAUGACCAGCGUGCCAGCAGCGAAAAGCGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGGCGGGGUUAAUAAC---| U CGA C U U GUUUCGUU ACG CU CG CUCGCAGUAUA UUUUGUG UUU \ UGC GA GU GAGUGUCAUAU AGGACAC AAA U UCAGCGAAAAGCGACGACCG^ - CCA A U U CCUAACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P8-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCAGUAUAUUUUUGUGUUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P8-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AUCACAGGAUUAUACUGUGAGA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000399 TargetScanFly: dme-miR-308 |
