| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o9 Dan-Mir-2-P9 Dmo-Mir-2-P9 Dsi-Mir-2-P9-v1 Dya-Mir-2-P9-v1 Gpa-Mir-2-P9 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 10408148-10408216 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P9-v1) |
Mir-2-P9-v1
3R: 10408148-10408216 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P9-v2 3R: 10408149-10408215 [+] UCSC Ensembl Mir-3-P3 3R: 10408308-10408365 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-2-P9-v1 |
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| Seed | UAAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCAAGAAUUUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAAACAGCCUAGAUCCGAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAUCGCGUCCUGAAUU- UC- -| C UUUACCCAAG UAUA GAGUUAUCU AAGGAAAUAGUAGC GUGAU A AUGU CUCGAUAGA UUUCUUUGUCGUUG CACUA A UAAGCCUAGAUCCGACAA UUU U^ A UACACUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P9-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005513 TargetScanFly: dme-miR-994 |
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P9-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- CACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAU -69
Get sequence
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| Variant | Dme-Mir-2-P9-v2 |
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| Seed | AAGGAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCAAGAAUUUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAAACAGCCUAGAUCCGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUC-- -| C UUUACCCAAG GAGUUAUCU AAGGAAAUAGUAGC GUGAU A CUCGAUAGA UUUCUUUGUCGUUG CACUA A AAGCCUAGAUCCGACAAAUGUUUU U^ A UACACUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P9-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005513 TargetScanFly: dme-miR-994 |
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P9-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGA -67
Get sequence
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