MirGeneDB ID | Cpi-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-7a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-7-P2 Cpi-Mir-7-P3 Cpi-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P1 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P1 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P1 Cmi-Mir-7-P1 Cpo-Mir-7-P1 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P1 Dre-Mir-7-P1a Dre-Mir-7-P1b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P1 Gga-Mir-7-P1 Gja-Mir-7-P1 Gmo-Mir-7-P1a Gmo-Mir-7-P1b Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P1 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P1 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P1 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P1a Mdo-Mir-7-P1 Mml-Mir-7-P1 Mmu-Mir-7-P1 Mun-Mir-7-P1e Mun-Mir-7-P1f Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P1 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P1 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P1 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o1 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P1 Sha-Mir-7-P1 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P1 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P1 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P1 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P1c Xla-Mir-7-P1d Xtr-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584649: 9124972-9125035 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7-P1) |
Mir-7-P1
JH584649: 9124972-9125035 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1720 JH584649: 9125216-9125278 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUUGCUGAGCUCACUGGCCCCGUCCCUUAUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUCUAUAGCUCAUCUCAUGACAACAAGUCACAGUCUGCCUUAUGGUGCAUGGCCUCCUCGUCGACACCGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUUGCUGAGCUCACUG--| CC UC U U A A U UCUAUAGC GCC G CC UA GG AGACU GUGAUUU GUUGU U CGG C GG AU CC UCUGA CACUGAA CAACA C CGUGCCACAGCUGCUCCUC^ UA GU U U G - - GUACUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-7-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-7-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAACAAGUCACAGUCUGCCUUA -64
Get sequence
|