MirGeneDB ID | Cpi-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-7a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-7-P1 Cpi-Mir-7-P2 Cpi-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P4 Ami-Mir-7-P4 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P4 Cfa-Mir-7-P4 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P4 Cmi-Mir-7-P4 Cpo-Mir-7-P4 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P4 Dre-Mir-7-P4b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P4 Gga-Mir-7-P4 Gja-Mir-7-P4 Gmo-Mir-7-P4a Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P4 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P4 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P4 Loc-Mir-7-P4-as Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P4a Mdo-Mir-7-P4 Mml-Mir-7-P4 Mmu-Mir-7-P4 Mun-Mir-7-P4 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P4 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P4 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o4 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P4 Sha-Mir-7-P4 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P4 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P4 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P4 Xbo-Mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584438: 7025484-7025546 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGAGCUGACACUCAUGGUCUGGCUCUGUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUCUGACUUAUAAAAGUGACAACAAAUCAUAGCCUGCCAUACAGCACGGACCACAGCCACCCACCGACAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAGCUGACACUCAUG---| GCU A A G U UCUGACUU GUCUG CUGUGUGG AG CUA UGAUUU GUUGU \ CAGGC GACAUACC UC GAU ACUAAA CAACA A GGACAGCCACCCACCGACAC^ AC- G C - - GUGAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-7-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-7-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAACAAAUCAUAGCCUGCCAUA -63
Get sequence
|