| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1720 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1720 Ami-Mir-1720 Cli-Mir-1720 Gga-Mir-1720 Gja-Mir-1720 Pbv-Mir-1720 Spt-Mir-1720 Tgu-Mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584649: 9125216-9125278 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1720) |
Mir-7-P1
JH584649: 9124972-9125035 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1720 JH584649: 9125216-9125278 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAUCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGGCAGCCAGAUGCCACCUCUCCGUUUCUGAUCACCUCAGUUGUUGCUUUUGUGAGGAUCUCAAGAGAAAGCAAUGAGAGGGUGGGUCUGAAACCCAUACUUACAUCUGCCAGAGCAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGGGCAGCCAGAUGCCACCUCUCC-- U -| CAG UG GUGAGGA GUUUC GA UCACCU U UUGCUUUU \ CAAAG CU GGUGGG A AACGAAAG U ACGAACGAGACCGUCUACAUUCAUACC U G^ AG- GU AGAACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-1720_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUCACCUCAGUUGUUGCUUUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-1720_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAGCAAUGAGAGGGUGGGUCUGA -63
Get sequence
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