| MirGeneDB ID | Cli-Mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1720 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1720 Ami-Mir-1720 Cpi-Mir-1720 Gga-Mir-1720 Gja-Mir-1720 Pbv-Mir-1720 Spt-Mir-1720 Tgu-Mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold150: 999054-999114 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1720) |
Mir-1720
scaffold150: 999054-999114 [-]
Mir-7-P1 scaffold150: 999185-999248 [-] |
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| Seed | AAGCAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCCAGCAGCCACAGCCGUUCUGCACUUCUGACCACCUCAGCCGUUGCUUUUGUGAGCCUCGAGAGCGAAGCAACGAGAGGCUGGUCUGAAACCCCCUCUUGCACCUGAGCCCCAGACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCCAGCAGCCACAGCCGUUCUGCAC-- U -| AGC UGUGAGC UUC GACCA CCUC CGUUGCUUU C AAG CUGGU GGAG GCAACGAAG U GUCAGACCCCGAGUCCACGUUCUCCCCCA U C^ A-- CGAGAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-1720_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACCACCUCAGCCGUUGCUUUUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-1720_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAAGCAACGAGAGGCUGGUCUGA -61
Get sequence
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