| MirGeneDB ID | Ami-Mir-1720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1720 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-1720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1720 Cli-Mir-1720 Cpi-Mir-1720 Gga-Mir-1720 Gja-Mir-1720 Pbv-Mir-1720 Spt-Mir-1720 Tgu-Mir-1720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diapsida | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713709.1: 11914848-11914910 [+] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1720) |
Mir-7-P1
NW_017713709.1: 11914595-11914658 [+]
UCSC
Mir-1720 NW_017713709.1: 11914848-11914910 [+] UCSC |
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| Seed | GAUCACC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGGCUGCUGCAUGCCUCCUCUCUGCUUCUGAUCACCUCAGUUGUUGCUUUUGUGAGCAUUUCAUGGGAAAGCAACAAGAGGGCAGGUCUGAAACCCACACCGACAUCUGGCAUGGCAUGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGGGCUGCUGCAUGCCUCCUCUCUGC-- U A--| AG GUGAGCA UUC GAUC CCUC UUGUUGCUUUU \ AAG CUGG GGAG AACAACGAAAG U ACGUACGGUACGGUCUACAGCCACACCCA U ACG^ -- GGUACUU 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-1720_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUCACCUCAGUUGUUGCUUUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-1720_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038324 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAGCAACAAGAGGGCAGGUCUGA -63
Get sequence
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