| MirGeneDB ID | Gja-Mir-1720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1720 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1720 Ami-Mir-1720 Cli-Mir-1720 Cpi-Mir-1720 Gga-Mir-1720 Pbv-Mir-1720 Spt-Mir-1720 Tgu-Mir-1720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diapsida | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015177032.1: 643257-643319 [-] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1720) |
Mir-1720
NW_015177032.1: 643257-643319 [-]
Mir-7-P1 NW_015177032.1: 643446-643509 [-] |
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| Seed | GAUCACC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCACUGGACAAUACCAUCCCUCUGUUUCUGAUCACCUCCAUUGUUGCUUUUGUGAGUGUUACACAGGAAAGCAAUGAGAGGGCAGGUCUGAAAUGUGUUUCCCCGUCAGCCAGAAGAAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCACUGGACAAUACCAUCCCUCU-- U A--| CA UG GUGAGUG GUUUC GAUC CCUC U UUGCUUUU \ UAAAG CUGG GGAG A AACGAAAG U AAGAAGAAGACCGACUGCCCCUUUGUG U ACG^ -- GU GACACAU 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-1720_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUCACCUCCAUUGUUGCUUUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-1720_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAGCAAUGAGAGGGCAGGUCUGA -63
Get sequence
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