MirGeneDB ID | Cpo-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-7-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-7-P2 Cpo-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P1 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P1 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P1 Cmi-Mir-7-P1 Cpi-Mir-7-P1 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P1 Dre-Mir-7-P1a Dre-Mir-7-P1b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P1 Gga-Mir-7-P1 Gja-Mir-7-P1 Gmo-Mir-7-P1a Gmo-Mir-7-P1b Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P1 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P1 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P1 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P1a Mdo-Mir-7-P1 Mml-Mir-7-P1 Mmu-Mir-7-P1 Mun-Mir-7-P1e Mun-Mir-7-P1f Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P1 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P1 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P1 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o1 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P1 Sha-Mir-7-P1 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P1 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P1 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P1 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P1c Xla-Mir-7-P1d Xtr-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_10: 35249132-35249193 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGACAGAGGCCAUGUGGCCAGUCCUGUCUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUGUCUCACUGUGCCCAACAACAAGUCCCAGUCUGCCGCACAGUGCUGGCCUCCCACAGCGGUGCAGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGACAGAGGCCAUGU--| UC C A AGU U GUCUCA GGCCAG CUGU UGG AGACU GAUUU GUUGUU C CCGGUC GACA GCC UCUGA CUGAA CAACAA U GAGGACGUGGCGACACCCU^ GU C G CC- - CCCGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-7-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-7-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAACAAGUCCCAGUCUGCCGCA -62
Get sequence
|