| MirGeneDB ID | Ami-Mir-10-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-10-P1b-v1 Ami-Mir-10-P1c-v1 Ami-Mir-10-P1d-v1 Ami-Mir-10-P2b Ami-Mir-10-P2c Ami-Mir-10-P2d Ami-Mir-10-P3b Ami-Mir-10-P3c Ami-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aca-Mir-10-P1d-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cli-Mir-10-P1d-v1 Cmi-Mir-10-P1d-v1 Cpi-Mir-10-P1d-v1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dre-Mir-10-P1d1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Gga-Mir-10-P1d-v1 Gja-Mir-10-P1d-v1 Gmo-Mir-10-P1d1-v1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Isc-Mir-10-P1-v1 Lch-Mir-10-P1d Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Loc-Mir-10-P1d-v1 Mal-Mir-10-P1d1-v1 Mgi-Mir-10-P1 Mom-Mir-10-P1 Mun-Mir-10-P1d-v1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P1 Pbv-Mir-10-P1d-v1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rph-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tni-Mir-10-P1d1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 Xla-Mir-10-P1d3-v1 Xla-Mir-10-P1d4-v1 Xtr-Mir-10-P1d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708254.1: 346318-346377 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1d-v2) |
Mir-10-P1d-v1
NW_017708254.1: 346317-346378 [+]
UCSC
Mir-10-P1d-v2 NW_017708254.1: 346318-346377 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-10-P1d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUGCCAUAGUCCACAGUCGCCUAUAUGUACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGUGAACAUUUCAGAGUCACAAAUUCGUCUCUAGGGGAAUAUAUGGACGAUGCCAGAGCCUUGUAAAGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGCCAUAGUCCACA--| C A G AU UGAACAU GUCG CUAUAUGU CCCU UAGA CGAAUUUGUG \ UAGC GGUAUAUA GGGG AUCU GCUUAAACAC U UUGAAAUGUUCCGAGACCG^ A A - CU UGAGACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-10-P1d-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-10-P1d-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACAAAUUCGUCUCUAGGGGAAU -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-10-P1d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGUGCCAUAGUCCACAGUCGCCUAUAUGUACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGUGAACAUUUCAGAGUCACAAAUUCGUCUCUAGGGGAAUAUAUGGACGAUGCCAGAGCCUUGUAAAGUUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGUGCCAUAGUCCACA--| C A G AU UGAACAU GUCG CUAUAUGU CCCU UAGA CGAAUUUGUG \ UAGC GGUAUAUA GGGG AUCU GCUUAAACAC U CUUGAAAUGUUCCGAGACCG^ A A - CU UGAGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-10-P1d-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-10-P1d-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAUUCGUCUCUAGGGGAAUA -62
Get sequence
|
