| MirGeneDB ID | Aca-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
2: 187863035-187863096 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-2970
2: 187861425-187861483 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 2: 187863035-187863096 [-] UCSC Ensembl Mir-191 2: 187865108-187865171 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAAGACACAAGAGCAGGAAUGGUUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGCUGAGCGAGCAGAGCCACGGCCACGGGGAUGUCGUGUCUGUCCAAAACUAUUUCAAAUAACCCAGCCUGGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAAGACACAAGAGCA--| AU U CU C A GAGCAG GGAAUGGUUUUGGA GACACGA CA CCCG UG GC \ CUUUAUCAAAACCU CUGUGCU GU GGGC AC CG A CUCGGUCCGACCCAAUAAA^ GU - AG - - GCACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-425_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGCUGAGC -25
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-425_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCACGGGGAUGUCGUGUCUGUCC -62
Get sequence
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