| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-425 Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
6: 201968561-201968623 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-2970
6: 201968080-201968138 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 6: 201968561-201968623 [-] UCSC Ensembl Mir-191 6: 201970821-201970884 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACAGGACCCUGGGAUAGAAAGUGCUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGCGGACAGCCAAGAAGCCAUCGGGAAUAUCGUGUCCGUCCAAUGCUCUUUCAGCGCCUCCCACAGAGAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACAGGACCCUGGGAUA--| U U AU CAC U A CGGACAG GAAAG GC UUGGA GACACGAU UCCCG UG G \ CUUUC CG AACCU CUGUGCUA AGGGC AC C C UUAGAGACACCCUCCGCGA^ U U GC UA- U - GAAGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-425_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0026697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGUUGAG -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-425-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-425_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAUCGGGAAUAUCGUGUCCGUCC -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-425-3p |
