MirGeneDB ID | Cpi-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-425 Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cja-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Eca-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Laf-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmr-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Neu-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pab-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584670: 1165773-1165833 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-2970
JH584670: 1164353-1164411 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 JH584670: 1165773-1165833 [-] UCSC Ensembl Mir-191 JH584670: 1168666-1168729 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCCAGCCGCUGGCGAGAAAUUGCUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGCUGAGCAAGCAGCCAGAGCCAUCGGGAAUAUCGUGUCCGUCCAAAGCUUUUUCGGCACCUCCUGGAGGAAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCCAGCCGCUGGCGA--| UU AU CAC C A AAGCA GAAA GCUUUGGA GACACGAU UCCCG UG GC \ CUUU CGAAACCU CUGUGCUA AGGGC AC CG G AGAAGGAGGUCCUCCACGG^ UU GC UA- U - AGACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-425_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGCUGAGC -25
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-425_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAUCGGGAAUAUCGUGUCCGUCC -61
Get sequence
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