MirGeneDB ID | Mmu-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-425 Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mun-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr9: 108568789-108568851 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-191
chr9: 108568325-108568388 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-425 chr9: 108568789-108568851 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCCACACCACAGCAUGGAAAGUGCUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGUGGGCACCCAAGAAGCCAUCGGGAAUGUCGUGUCCGCCCAGUGCUCUUUCGGCACCUCCCAAACAGGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCCACACCACAGCAUG--| U U AAU U C U A GGGCAC GAAAG GC UUGG GACACGA CA UCCCG UG GU \ CUUUC CG GACC CUGUGCU GU AGGGC AC CG C CGGGACAAACCCUCCACGG^ U U CGC - A U - AAGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-425_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGU -25
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004750 TargetScanVert: mmu-miR-425-5p miRDB: MIMAT0004750 |
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Star sequence | Mmu-Mir-425_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0001342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAUCGGGAAUGUCGUGUCCGCCC -63
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0001342 TargetScanVert: mmu-miR-425-3p miRDB: MIMAT0001342 |