MirGeneDB ID | Sha-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-425 Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cja-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Eca-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Laf-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmr-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Neu-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pab-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL841583.1: 1571636-1571698 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-2970
GL841583.1: 1571177-1571235 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 GL841583.1: 1571636-1571698 [-] UCSC Ensembl Mir-191 GL841583.1: 1573675-1573738 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGGACUCUGGAACAGAAAGUGCUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGCGGACAGCCAAGAAGCCAUCGGGCAUAUCGUGUCUGUCCAAUGCUCUUUCGGAGCCUCCUGCAGGGAUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAGGACUCUGGAACA--| U U AU CACU U A CGGACAG GAAAG GC UUGGA GACACGAU CCCG UG G \ CUUUC CG AACCU CUGUGCUA GGGC AC C C CUAGGGACGUCCUCCGAGG^ U U GU UAC- U - GAAGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sha-Mir-425_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGUUGAG -24
Get sequence
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Star sequence | Sha-Mir-425_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAUCGGGCAUAUCGUGUCUGUCC -63
Get sequence
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