MirGeneDB ID | Cpi-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2970 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-2970 Ami-Mir-2970 Cli-Mir-2970 Gga-Mir-2970 Gja-Mir-2970 Lch-Mir-2970 Mdo-Mir-2970 Mun-Mir-2970 Neu-Mir-2970 Oan-Mir-2970 Pbv-Mir-2970 Sha-Mir-2970 Spt-Mir-2970 Tgu-Mir-2970 Xla-Mir-2970-P1 Xla-Mir-2970-P2 Xtr-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584670: 1164353-1164411 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2970) |
Mir-2970
JH584670: 1164353-1164411 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 JH584670: 1165773-1165833 [-] UCSC Ensembl Mir-191 JH584670: 1168666-1168729 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | ACAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCGCACAGGUCUCUUCCUGUCACUGCAGACAGUCAGUAGUUGGUCUGGCGAGAGCAGGAAUUCUCAGAUCACCUCUUGGCUGUGAGUGGUGGUGCAGAGAACACUGCACCUUUGCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCGCACAGGUCUCUUC --| UG AG U U CGAGAGC CUGU CAC C ACAGUCAG AG UGGUCUGG \ GACG GUG G UGUCGGUU UC ACUAGACU A UCGUUUCCACGUCACAAGA UG^ GU AG C C CUUAAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-2970_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACAGUCAGUAGUUGGUCUGGC -22
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-2970_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGAUCACCUCUUGGCUGUGAG -59
Get sequence
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