| MirGeneDB ID | Xla-Mir-2970-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2970 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-2970-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-2970 Ami-Mir-2970 Cli-Mir-2970 Cpi-Mir-2970 Gga-Mir-2970 Gja-Mir-2970 Lch-Mir-2970 Mdo-Mir-2970 Mun-Mir-2970 Neu-Mir-2970 Oan-Mir-2970 Pbv-Mir-2970 Sha-Mir-2970 Spt-Mir-2970 Tgu-Mir-2970 Xtr-Mir-2970 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sarcopterygii | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030731.1: 109577649-109577707 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2970-P2) |
Mir-2970-P2
NC_030731.1: 109577649-109577707 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425-P2 NC_030731.1: 109581732-109581794 [-] UCSC Ensembl Mir-191-P2 NC_030731.1: 109586194-109586253 [-] UCSC Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGUCCUUGGAUUCUCUCCUGUUGCUGCAGACAGUCAGAAGUUGGUCUGGCGUGAGAUUAGAUUCUCAGAUCAUCUCUUGGCUGAUGCCAGCUACCAGGGAACUUCUGGAAAGCUGAUGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGUCCUUGGAUUCUC- UU- -| GA GA U CGUGAGA UCCUG GCU GCA CAGUCA AG UGGUCUGG \ GGGAC CGA CGU GUCGGU UC ACUAGACU U UAGUCGAAAGGUCUUCAA CAU C^ A- UC U CUUAGAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-2970-P2_5p |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACAGUCAGAAGUUGGUCUGGC -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-2970-P2_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGAUCAUCUCUUGGCUGAUGC -59
Get sequence
|
