| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2970 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-2970 Ami-Mir-2970 Cli-Mir-2970 Cpi-Mir-2970 Gga-Mir-2970 Gja-Mir-2970 Lch-Mir-2970 Mun-Mir-2970 Neu-Mir-2970 Oan-Mir-2970 Pbv-Mir-2970 Sha-Mir-2970 Spt-Mir-2970 Tgu-Mir-2970 Xla-Mir-2970-P1 Xla-Mir-2970-P2 Xtr-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
6: 201968080-201968138 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2970) |
Mir-2970
6: 201968080-201968138 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 6: 201968561-201968623 [-] UCSC Ensembl Mir-191 6: 201970821-201970884 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGACCUCGCGGUCUCUUCCUGUCACUGCAGACAGUCAGUAGUUGGUCUGGUGUGAGCAGGAAUUCUCAGAUCACCUCUUGGCUGUGAGUGGUGGAGAGAGCACUGCCCUGGUAUAAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGACCUCGCGGUCUCU-- -| G UG AG U U UGUGAGC UC CU UCAC C ACAGUCAG AG UGGUCUGG \ AG GA GGUG G UGUCGGUU UC ACUAGACU A GUAAUAUGGUCCCGUCACG A^ - GU AG C C CUUAAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts +1 and -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-2970_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACAGUCAGUAGUUGGUCUGGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-2970-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-2970_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGAUCACCUCUUGGCUGUGAG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-2970-3p |
