| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2970 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-2970 Ami-Mir-2970 Cli-Mir-2970 Cpi-Mir-2970 Gga-Mir-2970 Gja-Mir-2970 Lch-Mir-2970 Mdo-Mir-2970 Mun-Mir-2970 Neu-Mir-2970 Oan-Mir-2970 Pbv-Mir-2970 Sha-Mir-2970 Spt-Mir-2970 Tgu-Mir-2970 Xla-Mir-2970-P1 Xla-Mir-2970-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 126187377-126187435 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2970) |
Mir-2970
chr4: 126187377-126187435 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 chr4: 126189462-126189524 [-] UCSC Ensembl Mir-191 chr4: 126192673-126192732 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUUGCAGGAUUCGCUCUCCUGUUGCUGCAGACAGUCAGAAGUUGGUCUGGCGUGAGAAUAGAUUCUCAGAUCAUCUCUUGGCUGAUGCCAGCUACCAGGGAAAAGCUGAGAAGCUGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGUUGCAGGAUUCGCUC- UU- -| GA GA U CGUGAGA UCCUG GCU GCA CAGUCA AG UGGUCUGG \ GGGAC CGA CGU GUCGGU UC ACUAGACU A UAGUCGAAGAGUCGAAAA CAU C^ A- UC U CUUAGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-2970_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACAGUCAGAAGUUGGUCUGGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-2970_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGAUCAUCUCUUGGCUGAUGC -59
Get sequence
|
