MirGeneDB ID | Aca-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2970 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-2970 Cli-Mir-2970 Cpi-Mir-2970 Gga-Mir-2970 Gja-Mir-2970 Lch-Mir-2970 Mdo-Mir-2970 Mun-Mir-2970 Neu-Mir-2970 Oan-Mir-2970 Pbv-Mir-2970 Sha-Mir-2970 Spt-Mir-2970 Tgu-Mir-2970 Xla-Mir-2970-P1 Xla-Mir-2970-P2 Xtr-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 187861425-187861483 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2970) |
Mir-2970
2: 187861425-187861483 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 2: 187863035-187863096 [-] UCSC Ensembl Mir-191 2: 187865108-187865171 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUACCUAUAUACUUGAGAUCUGUCACUGCAGACAGUCAGUAGUUGGUCUGGCAUAAGCAGAAAGUUUCAGAUCACCUCUUGGCUGUGAGUAGUGUGGAGCCCUGCCCUAUUUUACUAUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUACCUAUAUACUUGAGA---| U AG U U CAUAAGC UCUG CACUGC ACAGUCAG AG UGGUCUGG \ AGGU GUGAUG UGUCGGUU UC ACUAGACU A GUAUCAUUUUAUCCCGUCCCG^ - AG C C UUGAAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aca-Mir-2970_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACAGUCAGUAGUUGGUCUGGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aca-Mir-2970_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGAUCACCUCUUGGCUGUGAG -59
Get sequence
|