MirGeneDB ID | Xla-Mir-191-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-191 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-191-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-191 Ami-Mir-191 Bta-Mir-191 Cfa-Mir-191 Cmi-Mir-191 Cpi-Mir-191 Cpo-Mir-191 Dno-Mir-191 Dre-Mir-191 Ete-Mir-191 Gja-Mir-191 Gmo-Mir-191 Hsa-Mir-191 Loc-Mir-191 Mal-Mir-191 Mdo-Mir-191 Mml-Mir-191 Mmu-Mir-191 Mun-Mir-191 Oan-Mir-191 Ocu-Mir-191 Pbv-Mir-191 Rno-Mir-191 Sha-Mir-191 Spt-Mir-191 Sto-Mir-191 Tgu-Mir-191 Tni-Mir-191 Xtr-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030731.1: 109586194-109586253 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-191-P2) |
Mir-425-P2
NC_030731.1: 109581732-109581794 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-191-P2 NC_030731.1: 109586194-109586253 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAAGCAGUGUUACCGGCGGUGGCUCUGGCAACGGAAUCCCAAAAGCAGCUGUUGUGGAAAUGUUCAGCUGCAGUUGGGACCCGUUCACUGAUCUAUUGCACAUUCAUCAUCCACAGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGAAGCAGUGUUACCG--| C UGGC AA AA UUGUGG GCGGUGG UC AACGG UCCCAA GCAGCUG \ CGUUAUC AG UUGCC AGGGUU CGUCGAC A CAGACACCUACUACUUACA^ U UCAC C- GA UUGUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-191-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAACGGAAUCCCAAAAGCAGCUG -23
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-191-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GCUGCAGUUGGGACCCGUUCAC -60
Get sequence
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