MirGeneDB ID | Loc-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-191 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-191 Ami-Mir-191 Bta-Mir-191 Cfa-Mir-191 Cja-Mir-191 Cmi-Mir-191 Cpi-Mir-191 Cpo-Mir-191 Dno-Mir-191 Dre-Mir-191 Eca-Mir-191 Ete-Mir-191 Gga-Mir-191-v1 Gja-Mir-191 Gmo-Mir-191 Hsa-Mir-191 Laf-Mir-191 Mal-Mir-191 Mdo-Mir-191 Mml-Mir-191 Mmr-Mir-191 Mmu-Mir-191 Mun-Mir-191 Neu-Mir-191 Oan-Mir-191 Ocu-Mir-191 Pab-Mir-191 Pbv-Mir-191 Rno-Mir-191 Sha-Mir-191 Spt-Mir-191 Sto-Mir-191 Tgu-Mir-191 Tni-Mir-191 Xla-Mir-191-P1 Xla-Mir-191-P2 Xtr-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LepOcu1) |
LG5: 50274331-50274390 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-191) |
Mir-425
LG5: 50273200-50273262 [-]
Ensembl
Mir-191 LG5: 50274331-50274390 [-] Ensembl |
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Seed | AACGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUCCCGAUGAUGUCAGCGUGCGGGUCGGUAACGGAACCCAUAAUGCAGCUGUUACCGAGACGACCCAGCUGAUUGCGGGUUCCGUACCCACUCCCACGCCAUGGCAACGGGCAACCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUCCCGAUGAUGUCA--| C C A A G UUACCG GCGUG GGGU GGUA CGGAACCC UAAU CAGCUG A CGCAC CUCA CCAU GCCUUGGG GUUA GUCGAC G CCCCAACGGGCAACGGUAC^ C C - C - CCAGCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Loc-Mir-191_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAACGGAACCCAUAAUGCAGCUG -23
Get sequence
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Star sequence | Loc-Mir-191_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCUGAUUGCGGGUUCCGUACC -60
Get sequence
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