MirGeneDB ID | Tni-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-191 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-191 Ami-Mir-191 Bta-Mir-191 Cfa-Mir-191 Cja-Mir-191 Cmi-Mir-191 Cpi-Mir-191 Cpo-Mir-191 Dno-Mir-191 Dre-Mir-191 Eca-Mir-191 Ete-Mir-191 Gga-Mir-191-v1 Gja-Mir-191 Gmo-Mir-191 Hsa-Mir-191 Laf-Mir-191 Loc-Mir-191 Mal-Mir-191 Mdo-Mir-191 Mml-Mir-191 Mmr-Mir-191 Mmu-Mir-191 Mun-Mir-191 Neu-Mir-191 Oan-Mir-191 Ocu-Mir-191 Pab-Mir-191 Pbv-Mir-191 Rno-Mir-191 Sha-Mir-191 Spt-Mir-191 Sto-Mir-191 Tgu-Mir-191 Xla-Mir-191-P1 Xla-Mir-191-P2 Xtr-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
9: 665421-665482 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-191) |
Mir-135-P1
9: 635490-635549 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-191 9: 665421-665482 [+] UCSC Ensembl Mir-425 9: 665884-665947 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | AACGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUGCAUCUCGUUUUGGUGGGUGGGAUGGUAACGGAACCCAUAAUGCAGCUGUAAUUUCAGAGGUCCAGCUGGUUAUGGGGUCCGUUUCCAUCCCACGACGCACAGAACAUCGGGAUGGUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUGCAUCUCGUUUUG-- G-| U A G UAAUUU GUG GUGGGAUGG AACGGA CCCAUAAU CAGCUG C CGC CACCCUACC UUGCCU GGGUAUUG GUCGAC A UUGGUAGGGCUACAAGACA AG^ U G - CUGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-191_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAACGGAACCCAUAAUGCAGCUG -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-191_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCUGGUUAUGGGGUCCGUUUCCA -62
Get sequence
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