MirGeneDB ID | Xla-Mir-191-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-191 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-191-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-191 Ami-Mir-191 Bta-Mir-191 Cfa-Mir-191 Cja-Mir-191 Cmi-Mir-191 Cpi-Mir-191 Cpo-Mir-191 Dno-Mir-191 Dre-Mir-191 Eca-Mir-191 Ete-Mir-191 Gja-Mir-191 Gmo-Mir-191 Hsa-Mir-191 Laf-Mir-191 Loc-Mir-191 Mal-Mir-191 Mdo-Mir-191 Mml-Mir-191 Mmr-Mir-191 Mmu-Mir-191 Mun-Mir-191 Neu-Mir-191 Oan-Mir-191 Ocu-Mir-191 Pab-Mir-191 Pbv-Mir-191 Rno-Mir-191 Sha-Mir-191 Spt-Mir-191 Sto-Mir-191 Tgu-Mir-191 Tni-Mir-191 Xtr-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 131957042-131957101 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-191-P1) |
Mir-2970-P1
NC_030730.1: 131950199-131950257 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425-P1 NC_030730.1: 131952638-131952700 [-] UCSC Ensembl Mir-191-P1 NC_030730.1: 131957042-131957101 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AACGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGAAGCGGAGGUACAGGCGGUAGCUCUGGCAACGGAAUCCCAAAAGCAGCUGUUGUGGAAAUGUUCAGCUGCAGUUGGGACCCGUUCACUGAUCUAUUGCAAAUUCAUCAUCCACAGGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUGAAGCGGAGGUACAG--| C UGGC AA AA UUGUGG GCGGUAG UC AACGG UCCCAA GCAGCUG \ CGUUAUC AG UUGCC AGGGUU CGUCGAC A GGGACACCUACUACUUAAA^ U UCAC C- GA UUGUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-191-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAACGGAAUCCCAAAAGCAGCUG -23
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-191-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GCUGCAGUUGGGACCCGUUCAC -60
Get sequence
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