MirGeneDB ID | Gmo-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-191 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-191 Ami-Mir-191 Bta-Mir-191 Cfa-Mir-191 Cja-Mir-191 Cmi-Mir-191 Cpi-Mir-191 Cpo-Mir-191 Dno-Mir-191 Dre-Mir-191 Eca-Mir-191 Ete-Mir-191 Gga-Mir-191-v1 Gja-Mir-191 Hsa-Mir-191 Laf-Mir-191 Loc-Mir-191 Mal-Mir-191 Mdo-Mir-191 Mml-Mir-191 Mmr-Mir-191 Mmu-Mir-191 Mun-Mir-191 Neu-Mir-191 Oan-Mir-191 Ocu-Mir-191 Pab-Mir-191 Pbv-Mir-191 Rno-Mir-191 Sha-Mir-191 Spt-Mir-191 Sto-Mir-191 Tgu-Mir-191 Tni-Mir-191 Xla-Mir-191-P1 Xla-Mir-191-P2 Xtr-Mir-191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1201: 84038-84097 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-191) |
Mir-191
GeneScaffold_1201: 84038-84097 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-425 GeneScaffold_1201: 84822-84885 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | AACGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAGGCUGGCGUGUAGUGAGUGGUGCGGUAACGGAACCCAUAAUACAGCUGUGGUUGUGCACAGCAGCUGGUUAUGGCGUCCGUUUCCCUCCCACUUCACAGAGGGCGCCGUUGCCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGGAGGCUGGCGUGUA- -| UGC U AC A UGGUUG GUG AGUGG GG AACGGA CCAUAAU CAGCUG \ CAC UCACC CC UUGCCU GGUAUUG GUCGAC U GACCGUUGCCGCGGGAGA U^ CUC U GC - GACACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-191_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAACGGAACCCAUAAUACAGCUG -23
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-191_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GCUGGUUAUGGCGUCCGUUUCC -60
Get sequence
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