| MirGeneDB ID | Aca-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-130-P1a Aca-Mir-130-P1b Aca-Mir-130-P1c Aca-Mir-130-P2a Aca-Mir-130-P2b Aca-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343282.1: 1188362-1188424 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a) |
Mir-130-P4a
GL343282.1: 1188362-1188424 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a GL343282.1: 1189904-1189968 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a GL343282.1: 1200201-1200263 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a GL343282.1: 1201646-1201704 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGGAAAGCGUGCUACGGGGCGUCUGCCCACUCUUUCCCCUGUUGCACUACUGUCCAACGUCACAGCUAGCAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGUCAGCCGCUCCGCAGAGCAGCAGAACCGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGAAAGCGUGCUAC---| U CCCA CCC A GUCCAAC GGGGCG CUG CUCUUUC UGUUGCACU CU G CCUCGC GAC GGGAAAG AUAACGUGA GA U GAGGCCAAGACGACGAGACG^ C UGC- UA- C UCGACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-130-P4a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCCCCUGUUGCACUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-130-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGU -63
Get sequence
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