| MirGeneDB ID | Mal-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mal-Mir-130-P2b2 Mal-Mir-130-P3a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884728.1: 4809878-4809938 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a1) |
Mir-130-P4a1
KV884728.1: 4809878-4809938 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a1 KV884728.1: 4812018-4812084 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a1 KV884728.1: 4816831-4816893 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a1 KV884728.1: 4817202-4817260 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACAGCUACAGGACGCUCACUGCCUGACACUCUUUACAUGUUGCACUACUGAGGGAGCUACAGCAAGCAGUGCAAUAACGAAAGGGCAUCAGUCAGCUGGGUCUAACCUCCUCCCCACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGACAGCUACAGGACG- -| C CA ACA A GAGGGAG CUCA CUG CUGA CUCUUU UGUUGCACU CU \ GGGU GAC GACU GGGAAA AUAACGUGA GA C ACACCCCUCCUCCAAUCU C^ U AC GCA C ACGACAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-130-P4a1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUACAUGUUGCACUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-130-P4a1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCAAUAACGAAAGGGCAU -61
Get sequence
|
