MirGeneDB ID | Mal-Mir-130-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mal-Mir-130-P3a1 Mal-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P2b Bta-Mir-130-P2b Cfa-Mir-130-P2b Cja-Mir-130-P2b Cli-Mir-130-P2b Cmi-Mir-130-P2b Cpi-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P2b Dno-Mir-130-P2b Eca-Mir-130-P2b Ete-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P2b Gja-Mir-130-P2b Hsa-Mir-130-P2b Laf-Mir-130-P2b Lch-Mir-130-P2b Loc-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P2b Mml-Mir-130-P2b Mmr-Mir-130-P2b Mmu-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P2b Oan-Mir-130-P2b Ocu-Mir-130-P2b Pab-Mir-130-P2b Pbv-Mir-130-P2b Rno-Mir-130-P2b Sha-Mir-130-P2b Spt-Mir-130-P2b Sto-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P2b Xtr-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884955.1: 1360290-1360351 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACCAUACCUCUUUCAGCUGUUGACAGGUGCUCUGACUUCAUUGCACUACUGUAUCAGACAGCUAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAUCUGAAAAUGGCAGGGAUAGCUGCAUUGACUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUACCAUACCUCUUUCA-- GA C UUC---| A UAUCA GCUGUU CAGGUGCU UGAC AUUGCACU CUG \ CGGUAA GUCUACGA ACUG UAACGUGA GAU G UCAGUUACGUCGAUAGGGA AA A UUAUGA^ C CGACA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mal-Mir-130-P2b2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUCUGACUUCAUUGCACUACUGU -24
Get sequence
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Mature sequence | Mal-Mir-130-P2b2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAU -62
Get sequence
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