| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-130-P1c Mmr-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
KV890137.1: 616166-616225 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a) |
Mir-130-P4a
KV890137.1: 616166-616225 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a KV890137.1: 616495-616554 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGGGGAGGCACUGGCAGGCCUGCCCGACACUCUUUCCCUGUUGCACUACUGUGGGCCACUGGGAAGCAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAUCGGUCAGGCCCACUGGGAGGGGGGUGAGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGGGGAGGCACUGGCA--| C CA CC A GUGGGC GGCCUG CCGA CUCUUUC UGUUGCACU CU C CCGGAC GGCU GGGAAAG GUAACGUGA GA A GGGAGUGGGGGGAGGGUCAC^ U AC UA C AGGGUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-130-P4a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCCCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-130-P4a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU -60
Get sequence
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