| MirGeneDB ID | Gja-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1c Gja-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2b Gja-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015164679.1: 168764-168825 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a) |
Mir-130-P1a
NW_015164679.1: 146373-146431 [+]
Mir-130-P2a NW_015164679.1: 147797-147855 [+] Mir-130-P3a NW_015164679.1: 166819-166883 [+] Mir-130-P4a NW_015164679.1: 168764-168825 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGACAAGUUUUGCUACGGGGAAGUCUGCUACUCUUUCUCUGUUGCACUACUGUCAAACGUUGCAGCUAGCAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGUCAGCCACCCCGGAGAGCAGCCGGAGAAGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGACAAGUUUUGCUAC---| AA U CUA UC A GUCAAAC GGGG G CUG CUCUUUC UGUUGCACU CU G CCCC C GAC GGGAAAG AUAACGUGA GA U CGGAAGAGGCCGACGAGAGG^ AC - UGC UA C UCGACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gja-Mir-130-P4a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCUCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gja-Mir-130-P4a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGU -62
Get sequence
|
