| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1c Cpi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2b Cpi-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584438: 2903670-2903730 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a) |
Mir-130-P4a
JH584438: 2903670-2903730 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a JH584438: 2904974-2905037 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a JH584438: 2911660-2911722 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a JH584438: 2912867-2912925 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGCACUGGGAACCACCAGGCAGGCUGCCACUCUUUCCCUGUUGCACUACUGUUAAACUUGUAGCUAGCAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGUCGGUCUGCCAGGGACCAGCCUUCCUCCAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGCACUGGGAACCACCA--| CCA CC A GUUAAAC GGCAGGCUG CUCUUUC UGUUGCACU CU \ CCGUCUGGC GGGAAAG AUAACGUGA GA U UGACCUCCUUCCGACCAGGGA^ UGC UA C UCGAUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-130-P4a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCCCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-130-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCAAUAAUGAAAGGGCGU -61
Get sequence
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