MirGeneDB ID | Tni-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-200a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-8-P1a Tni-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P2a Ami-Mir-8-P2a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cli-Mir-8-P2a Cmi-Mir-8-P2a Cpi-Mir-8-P2a Cpo-Mir-8-P2a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2a Gga-Mir-8-P2a Gja-Mir-8-P2a Gmo-Mir-8-P2a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P2a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P2a Mal-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2a Mml-Mir-8-P2a Mmu-Mir-8-P2a Mun-Mir-8-P2a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P2a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P2a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P2a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P2a Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xtr-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 2991451-2991512 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2a) |
Mir-8-P1a
Un_random: 2991282-2991341 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a Un_random: 2991451-2991512 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P3a Un_random: 2992668-2992726 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAUGAGCAACAGAAGUAGCUCCCAGGAAUCAUCUUACCUGACAGUGCUGGAUUAUACUACUGUUGUUCUAACACUGUCUGGUAACGAUGUUUUCUGGGUGUCUCCAUCAUCGGCGCUCUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAUGAGCAACAGAAGUA-- U U -| U C UUAUACU GC CCCAGGAA CAUC UUACC GACAGUG UGGA \ UG GGGUCUUU GUAG AAUGG CUGUCAC AUCU A GAUCUCGCGGCUACUACCUC U U C^ U A UGUUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-8-P2a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACCUGACAGUGCUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-8-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0002982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAACACUGUCUGGUAACGAUGUU -62
Get sequence
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