MirGeneDB ID | Aca-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-200a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-8-P1a Aca-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Ami-Mir-8-P2a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cli-Mir-8-P2a Cmi-Mir-8-P2a Cpi-Mir-8-P2a Cpo-Mir-8-P2a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2a Gga-Mir-8-P2a Gja-Mir-8-P2a Gmo-Mir-8-P2a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P2a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P2a Mal-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2a Mml-Mir-8-P2a Mmu-Mir-8-P2a Mun-Mir-8-P2a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P2a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P2a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P2a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P2a Tni-Mir-8-P2a Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xtr-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343647.1: 276664-276724 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2a) |
Mir-8-P1a
GL343647.1: 274657-274716 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a GL343647.1: 276664-276724 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P3a GL343647.1: 283347-283406 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAGCUACUACGAUGAUGGUCCUCUGUGGACAUCUUACUAGACAGUGCUGGAUUGUGUGCUCUGAUUCUAACACUGUCUGGUAACGAUGUUCAAAGGGUGAGCCGAACUUCUACAGUCAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAGCUACUACGAUGAUGG- - G -| C AUUGUGU UC CUCU UGGACAUC UUACUAGACAGUG UGG G AG GGGA ACUUGUAG AAUGGUCUGUCAC AUC C CAACUGACAUCUUCAAGCCG U A C^ A UUAGUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-8-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUAGACAGUGCUGG -21
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-8-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAACACUGUCUGGUAACGAUGUU -61
Get sequence
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