| MirGeneDB ID | Cli-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-200a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-8-P1a Cli-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P2a Ami-Mir-8-P2a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cmi-Mir-8-P2a Cpi-Mir-8-P2a Cpo-Mir-8-P2a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2a Gga-Mir-8-P2a Gja-Mir-8-P2a Gmo-Mir-8-P2a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P2a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P2a Mal-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2a Mml-Mir-8-P2a Mmu-Mir-8-P2a Mun-Mir-8-P2a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P2a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P2a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P2a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P2a Tni-Mir-8-P2a Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xtr-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold693: 2379416-2379476 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2a) |
Mir-8-P1a
scaffold693: 2377086-2377145 [+]
Mir-8-P2a scaffold693: 2379416-2379476 [+] Mir-8-P3a scaffold693: 2382092-2382150 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUGCUGGACAGACCAUGGUCCUCUGUGGGCAUCUUACUAGACAGUGCUGGAUUUUUUGGAUCUACUCUAACACUGUCUGGUAACGAUGUUUAAAGGGUGAACCAAACACCACCAUGCAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGCUGGACAGACCAUGG- - G -| C UUUUUU UC CUCU UGGGCAUC UUACUAGACAGUG UGGA G AG GGGA AUUUGUAG AAUGGUCUGUCAC AUCU G CUACGUACCACCACAAACCA U A C^ A CAUCUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-8-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCUUACUAGACAGUGCUGGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-8-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAACACUGUCUGGUAACGAUGUU -61
Get sequence
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