| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-30e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1b Tgu-Mir-30-P1d Tgu-Mir-30-P2b Tgu-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cja-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Eca-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Laf-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmr-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Neu-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pab-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
2: 144090098-144090157 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
2: 144090098-144090157 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a 2: 144093706-144093764 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUAUAUAGUUCAGCUAAUUUUUAGUUCCUGUAAACAUCCUACACUCAGCUAUUAUAAGUGGUGGGGCUGGGGGUUGGGUGUUUACUUCAACUGACUUGGAAAGGCAGCUUUCCUCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUAUAUAGUUCAGCUAAUUU--| CCU U A AUUAUA UUAGUU GUAAACAUCC AC CUCAGCU A AGUCAA CAUUUGUGGG UG GGGUCGG G UAACUCCUUUCGACGGAAAGGUUC^ CUU U G GGUGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-30-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0025411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-30-P2a_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGGGGUUGGGUGUUUACUUC -60
Get sequence
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