| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Bta-Mir-187 Cfa-Mir-187 Cja-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Cpo-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Eca-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Laf-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmr-Mir-187 Mmu-Mir-187 Mun-Mir-187 Neu-Mir-187 Oan-Mir-187 Ocu-Mir-187 Pab-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
2: 85355102-85355159 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-187) |
Mir-187
2: 85355102-85355159 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1677-P6 2: 85363381-85363438 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGUUUGCUCUAAAUUAUUGUGAGACCUCCGGCUACAACACAGGACAUGGGAGCUUUUCUGAACCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCAGAGGGGCACAUCUUUUCAGCAGUCUGAGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGUUUGCUCUAAAUUAU---| AGA C A AGCUUU UGUG CCUC GGCU CAACACAGGACAUGGG U ACAC GGAG CCGA GUUGUGUUCUGUGCUC C AUAGAGUCUGACGACUUUUCU^ GG- A C CCAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. The 3' end of the 3p arm is also likely monoadenylated when not monouridylated despite the templated adenosine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-187_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUACAACACAGGACAUGGGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-187_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCAG -58
Get sequence
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