MirGeneDB ID | Mmu-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Bta-Mir-187 Cfa-Mir-187 Cja-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Cpo-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Eca-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Laf-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmr-Mir-187 Mun-Mir-187 Neu-Mir-187 Oan-Mir-187 Ocu-Mir-187 Pab-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tgu-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr18: 24429110-24429167 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGCUCACAGGAUACAAUGCGGGUCCUCAGGCUACAACACAGGACCCGGGCGCUGCUCUGACCCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGGAGGGACGCAGGUCUGCAGCAGAGCCUGCCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGGCUCACAGGAUACAA---| GG A A C CGCUGC UGCG UCCUC GGCU CAACACAGGAC CGGG U ACGC GGGAG CCGA GUUGUGUUCUG GCUC C UCCGUCCGAGACGACGUCUGG^ A- G C U CCCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There are Drosha cuts +1 and -1 on the 5p arm. The 3' end of the 3p arm is also likely monoadenylated when not monouridylated despite the templated adenosine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-187_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0016997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUACAACACAGGACCCGGGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-187-5p miRDB: MIMAT0016997 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-187_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000216 TargetScanVert: mmu-miR-187-3p miRDB: MIMAT0000216 |