| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Bta-Mir-187 Cfa-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmu-Mir-187 Mun-Mir-187 Oan-Mir-187 Ocu-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tgu-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_14: 28433765-28433822 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGAGCUCAUGAUACAGUGUGAGUCCUUGGGCUACAACACAGGACCCGGGCGCUGAUUUGACCCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGGAGGGACACAGGUCUGCAGCAGAGCCUGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGAGCUCAUGAUACAG---| AG G A C CGCUGA UGUG UCCUU GGCU CAACACAGGAC CGGG U ACAC GGGAG CCGA GUUGUGUUCUG GCUC U CUCGUCCGAGACGACGUCUGG^ A- G C U CCCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The 3' end of the 3p arm is also likely monoadenylated when not monouridylated despite the templated adenosine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-187_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUACAACACAGGACCCGGGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-187_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG -58
Get sequence
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