MirGeneDB ID | Bta-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Cfa-Mir-187 Cja-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Cpo-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Eca-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Laf-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmr-Mir-187 Mmu-Mir-187 Mun-Mir-187 Neu-Mir-187 Oan-Mir-187 Ocu-Mir-187 Pab-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tgu-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037351.1: 21219318-21219375 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCUCCCCACGACACGGUGUGAGACCUCGGGCUACAACACGGGACCCGGGCGCUGCUCCGACCCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGGAGGGACGCAAGUCCGCAGCAGAGCCUGCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGGCUCCCCACGACACGG---| AGA G A C CGCUGC UGUG CCUC GGCU CAACACGGGAC CGGG U ACGC GGAG CCGA GUUGUGUUCUG GCUC C CUCGUCCGAGACGACGCCUGA^ AG- G C U CCCAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The 3' end of the 3p arm is also likely monoadenylated when not monouridylated despite the templated adenosine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bta-Mir-187_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUACAACACGGGACCCGGGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Bta-Mir-187_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-187 |