MirGeneDB ID | Cja-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Bta-Mir-187 Cfa-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Cpo-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Eca-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Laf-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmr-Mir-187 Mmu-Mir-187 Mun-Mir-187 Neu-Mir-187 Oan-Mir-187 Ocu-Mir-187 Pab-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tgu-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021927.1: 73997662-73997719 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCUCACCAUGACACAGUGUGAGACCUCGGGCUACAACACAGGACCCGGGCGCUGCUCUGACCCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGGAGGGACGCAGGUCCGCAGCAGAGCCUGCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGGCUCACCAUGACACAG---| AGA G A C CGCUGC UGUG CCUC GGCU CAACACAGGAC CGGG U ACGC GGAG CCGA GUUGUGUUCUG GCUC C CUCGUCCGAGACGACGCCUGG^ AG- G C U CCCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-187_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUACAACACAGGACCCGGGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-187_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG -58
Get sequence
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