MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-1677-P1 Tgu-Mir-1677-P2 Tgu-Mir-1677-P4 Tgu-Mir-1677-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cli-Mir-1677-P6 Cpi-Mir-1677-o6 Gga-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
2: 85363381-85363438 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1677-P6) |
Mir-187
2: 85355102-85355159 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1677-P6 2: 85363381-85363438 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UGACUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGCCUUGACUGUUAGCCUUUGGGAUGCAAACCUGCUUCCAUUUAAGUCAAUGUAAGUUUUAUCAUUGACUUAAUUGGAAGUGAGAUUGAGCCAUUGGGCAUGUGAGUGGCUUUAUAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGCCUUGACUGUUAGC---| UUG AUG AC - U UAAG CU GG CAA CU GCUUCCA UUAAGUCAAUG U GG CC GUU GA UGAAGGU AAUUCAGUUAC U UAUAUUUCGGUGAGUGUACG^ UUA GA- A- G U UAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tgu-Mir-1677-P6_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCUGCUUCCAUUUAAGUCAAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tgu-Mir-1677-P6_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UUGACUUAAUUGGAAGUGAGAUU -58
Get sequence
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